События Call of Duty: Modern Warfare 2 разворачиваются спустя пять лет (то есть, в 2016 году) после окончания Call of Duty 4: Modern Warfare. Российская ультранационалистическая организация, несмотря на гибель своего лидера Имрана Захаева победила в Гражданской войне в России. Однако среди ультранационалистов произошёл раскол и один из их руководителей, Владимир Макаров вновь ушёл в подполье. Он организовал многочисленные террористические акты против западных стран. Опасаясь укрепления позиций Макарова, НАТО сформировало элитный отряд ОТГ-141, возглавляемый американским генералом Шепардом, для борьбы с террористами.
Игра начинается в Афганистане, где американский рейнджер Джозеф Аллен демонстрирует новобранцам навыки одиночной стрельбы, тренируется на полигоне и участвует в операции по освобождению города от отрядов боевиков. Впечатлённый навыками Аллена, генерал Шепард вербует его в ЦРУ. Шепард, не брезгуя любыми средствами, внедряет Аллена в организацию Макарова под именем Алексея Бородина.
